Un groupe de réfugiés tente de recoloniser la Terre 20 000 ans après sa conquête par Godzilla. Mais un jeune homme est bien déterminé à prendre sa revanche.
Dans un futur proche, l’humanité a réussi à dompter la technologie et bénéficie de tout le confort moderne. Mais un dernier enjeu pèse sur la société : le vieillissement de la population. Pour résoudre ce fléau grandissant, la médecine est remplacée par la robotique avec la création...
Sur Terre, Haruo et ses acolytes entrent en contact avec la tribu des Houtuas. Pour vaincre Godzilla, ils entament un périple vers les anciens locaux de Mechagodzilla.
Kain, le terrible criminel s'est échappé de la prison, 100 ans après avoir été capturé. Il en profite pour détruire le QG de la police galactique qui était chargée de le surveiller. Il a un atout indéniable : Il peut voyager dans le temps, ce qui rend sa traque difficile, d'autant plus...