Quelques cellules de Godzilla sont récupérées à Tokyo sur le lieu du combat précédent. Le professeur Shiragami est chargé de les étudier, mais malheureusement le laboratoire est attaqué et sa fille bien-aimée tuée. Le professeur abandonne le projet, et se consacre à une rose, trouvée...
Après les événements de la série télévisée, Yoko Godai, âgée de 18 ans, a abandonné son identité d'agent spécial Saki Asamiya pour reprendre une vie normale et se prépare désormais aux examens d'entrée à l'université. Cependant, elle tombe par hasard sur un jeune homme nommé Kazuo...
