An 2201 AD. Âgée de 16 ans, Ruri est à présent le capitaine du nouveau vaisseau Nadesico B, successeur de l’ancien Nadesico désormais désaffecté. Depuis quelques temps, des forces inconnues s’attaquent à plusieurs colonies et Ruri a pour mission de découvrir ce qui se cache derrière...
L'histoire se déroule avec Conan Edogawa, Ai Haibara et leurs trois camarades de classe, les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Tokiwa Mio à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi...
Des meurtres en série dont les victimes sont des policiers provoquent un gros tremblement de terre à la préfecture de police. Face à Kogoro qui tente de recueillir des informations sur les faits, l'inspecteur Maigret reste étrangement silencieux. Conan, qui a vu ce qu'il se passait, suspecte...
Quelques jours avant le concert inaugural de la salle de concert Doumoto, une explosion blesse grièvement la violoniste de renommée internationale Kabe Souko et deux musiciens. Quand la police découvre que la victime avait quelques instants avant l'explosion envoyé un SMS à la chanteuse...
