Deux ans se sont écoulés depuis que la créature Nestene a disparu de l'entrepôt top secret d'UNIT… Soudainement et sans avertissement, le Nestene frappe, utilisant une fois de plus les Autons comme ses soldats mortels. Alors que Lockwood, un mystérieux agent d'UNIT, s'efforce de découvrir...
Lockwood et Natasha sont revenus sur le continent depuis l'île Sentinel, mais ils se rendent compte que la population de la ville de Millhampton a disparu. Ils découvrent que l'hôpital voisin est la base opérationnelle de Nestene.
