Duo, le capitaine et compagnon de Cis, lui propose de retourner dans la Matrice avec lui pour recommencer une nouvelle vie. Mais pour cela, elle doit trahir Zion...
Malgré une blessure qui pourrait mettre fin à sa carrière sportive, le coureur Dan Davis est bien décidé à défendre son titre de champion coûte que coûte et à battre son record de sprint. Il ignore la souffrance qui envahit son corps et fournit un effort tellement incroyable qu'il sort de...
À travers les archives de Zion, on découvre l'origine du conflit meurtrier qui opposa les machines aux humains et les différentes étapes qui conduisirent à la création et à l'avènement de la Matrice. 2ème partie.