Un petit groupe d'humains du monde réel parviennent à capturer des machines et à les rallier à leur cause grâce notamment à un programme de simulation spécial. Cependant l'expérience s'avère assez hasardeuse...
À travers les archives de Zion, on découvre l'origine du conflit meurtrier qui opposa les machines aux humains et les différentes étapes qui conduisirent à la création et à l'avènement de la Matrice. 2ème partie.
En tentant d'échapper à une horde de sentinelles, les occupants de l'Osiris découvrent que des centaines de milliers de machines sont regroupées à quatre kilomètres au-dessus de Zion et qu'une gigantesque foreuse est en action afin de leur permettre d'envahir le dernier refuge des êtres...
