Duo, le capitaine et compagnon de Cis, lui propose de retourner dans la Matrice avec lui pour recommencer une nouvelle vie. Mais pour cela, elle doit trahir Zion...
Un petit groupe d'humains du monde réel parviennent à capturer des machines et à les rallier à leur cause grâce notamment à un programme de simulation spécial. Cependant l'expérience s'avère assez hasardeuse...
À travers les archives de Zion, on découvre l'origine du conflit meurtrier qui opposa les machines aux humains et les différentes étapes qui conduisirent à la création et à l'avènement de la Matrice. 2ème partie.
Un jeune adolescent, Karl Popper, féru d'informatique, est, un jour, contacté par Neo afin qu'il s'échappe de la Matrice. La route pour la liberté est bien plus difficile, que ce qu'elle semble être.
