Les restes d'un bombardier abattu lors d'une mission punitive au Moyen-Orient contre une base terroriste dorment paisiblement quelque part dans la mer Méditerranée. À son bord, l'objet de toutes les convoitises, un système hautement perfectionné pour que les missiles ne ratent jamais leur but....
IVe siècle après Jésus-Christ. L’Égypte est sous domination romaine. À Alexandrie, la révolte des Chrétiens gronde. Réfugiée dans la grande Bibliothèque, désormais menacée par la colère des insurgés, la brillante astronome Hypatie tente de préserver les connaissances accumulées...