En 1750, un bandit mexicain est sauvé par un homme d'église. Ce dernier est tué par les indiens Yaquis et c'est le voleur qui endosse la robe du prêtre.
En prison, Cuchillo rencontre Ramirez avec qui il s'évade. Ils se rendent dans le village de Ramirez. Reza, un bandit, et sa bande recherchent un trésor dont Ramirez est le seul à connaître la cachette. Avant de mourir, il tend à Cuchillo un journal. Celui-ci part avec le document mais...
Mexique, 1900, pendant le règne du dictateur Porfirio Diaz. Un prêtre, Nazarin, protège les parias et subit l'opprobre de ses pairs et de ceux qu'il défend. A cause de sa grande charité, lui-même vit dans une indigence proche de la misère. Il se sacrifie et se dévoue tout en se sachant...
Le jeune docteur Bernstein rend visite à son collègue Fernandez dans la ferme intention d'épouser sa fille, ce que semble ne pas apprécier le père. Mais l'amoureux semble ignorant d'un affreux secret qui frappe cette famille. Pendant ce temps-là, les meurtres se multiplient dans la région...