Alex, une adolescente de 15 ans, a un secret : elle est hermaphrodite. Peu après sa naissance, ses parents décident de quitter Buenos Aires pour s'installer sur la côte uruguayenne, dans une maison de bois perdue dans les dunes. XXY commence avec l'arrivée d'un couple d'amis venus de Buenos...
On connaît le nazi Klaus Barbie, chef de la Gestapo, "Boucher de Lyon", tortionnaire de Jean Moulin, condamné en 1987 à la prison à vie pour crimes contre l'humanité. Mais l'agent Barbie travaillant pour les services secrets américains ? Klaus Altmann, l'homme de l'ombre de la répression...
Ka-Ming, fils agé de 7 ans du magnat Sam, a été kidnappé. L'inspecteur Jenny s'occupe de l'affaire. Le cerveau du kidnapping s'appelle Hilary. Elle souhaite obtenir de l'argent pour les soins de son mari malade. Elle semble prete à tout pour cela...
Alors qu'ils prennent leurs premiers cours en salle d'autopsie, tous les étudiant d'un groupe font le même rêve, qui prend réalité lorsqu'ils commencent à disparaître, un par un.