Kanzo Hattori, dit Nin, l'un des derniers descendants du clan des Iga, est envoyé à Tokyo par son père, le grand maître Hattori, afin d'accomplir son destin de ninja. Mais à Tokyo, il croise la route du jeune Kenichi, qui lui sauve la vie. Nin prête alors allégeance à Kenichi et entreprend...
Le film alterne les souvenirs de Yoshihiro Tatsumi, qui évoque ses débuts et sa progression, et des histoires indépendantes, adaptées de ses œuvres : à Hiroshima après le bombardement atomique, un photographe prend un cliché qui deviendra un symbole poignant plus tard ; un ouvrier...
