En 48 avant J.-C., Jules César, consul de Rome, poursuit Pompée jusqu'en Égypte où le jeune souverain, Ptolémée, fait exécuter le fugitif. Écartée du trône d'Égypte par son frère, Cléopâtre demande l'aide de César pour rétablir son pouvoir. Celui-ci accepte, succombe à ses charmes...
IVe siècle après Jésus-Christ. L’Égypte est sous domination romaine. À Alexandrie, la révolte des Chrétiens gronde. Réfugiée dans la grande Bibliothèque, désormais menacée par la colère des insurgés, la brillante astronome Hypatie tente de préserver les connaissances accumulées...