Au lendemain de la venue du premier Godzilla en 1954, le gouvernement japonais met en place une force spécialisée dans la destruction des monstres. Très efficace, celle-ci résiste à bien des envahisseurs, mais pas à la venue de Godzilla en 1999. Le gouvernement japonais ne s'avoue pas vaincu...
Deux jeunes garçons qui travaillent dans un magasin de VCD pirates, emmènent la voiture de leur patron à réparer. Sur le chemin du retour, ils renversent accidentellement un homme. Ils s'arrêtent et le type leur parle d'une boisson qu'il transportait. Malencontreusement, cet homme en boit et...