Kusanagi et Bâto enquêtent sur les agissements d'une organisation terroriste dont le symbole est une Scylla. Togusa enquête de son côté sur le meurtre d'un homme qui transportait des jambes artificielles fabriquées par la Mermaid's Leg corporation.
Dans les années 40, Etienne et Adèle Grandclément, s'apprêtent à mener une vie paisible dans la "Villa Marguerite" qu'ils viennent d'acheter. Mais les bons vivants se font un jour arrêter car ils ont mangé une oie le 11 novembre. Libérés grâce à Marie, une visiteuse de prison, le couple...
