Après la disparition de sa mère dans un incendie, Mahito, un jeune garçon de 11 ans, doit quitter Tokyo pour partir vivre à la campagne dans le village où elle a grandi. Il s’installe avec son père dans un vieux manoir situé sur un immense domaine où il rencontre un héron cendré qui...
Le héron désire se marier avec la cigogne. La cigogne aussi. Chacun son tour, ils refusent les avances de l'autre. Et dans un décor de ruines mangées de végétation, leur marivaudage se poursuit, apparemment sans issue possible.