En 2285, au cours de leur mission de sauvetage sur Genesis, l'Enterprise a été détruit. C'est donc aux commandes d'un oiseau de proie Klingon volé que Kirk, Spock, McCoy, Sulu, Uhura, Chekov, Scotty et Saavik sont revenus sur Vulcain. Ils décident alors de rentrer sur Terre pour être traduits...
En 2287, le capitaine Kirk et son équipage prennent sur Terre des vacances bien méritées... Mais lorsqu'ils apprennent que le Vulcain Sybok, demi-frère de Spock, vient de prendre en otage des diplomates venus cohabiter sur la planète Nimbus III, nos héros remontent à bord de l'Enterprise...
Alors que Spock, le capitaine Kirk et l'équipage de l'USS Enterprise escortent le chancelier Gordon jusqu'au centre de conférence où il doit signer un accord de paix avec l'Empire klingon, leur vaisseau est attaqué et le chancelier est abattu. Chang, un général Klingon, accuse Kirk, qu'il...