Le film alterne les souvenirs de Yoshihiro Tatsumi, qui évoque ses débuts et sa progression, et des histoires indépendantes, adaptées de ses œuvres : à Hiroshima après le bombardement atomique, un photographe prend un cliché qui deviendra un symbole poignant plus tard ; un ouvrier...
Alors qu’ils rentrent chez eux, Mark, et son fils Trent, sont confrontés à une étrange lumière dans le ciel qui semble aspirer la population vers un vaisseau alien géant. Face à l’invasion, la résistance humaine s’organise…
Un mariage d'histoires construites autour des thèmes de l'amour, de l'espoir et du destin. Les personnages de Be with me mènent des vies séparées, mais sont liés par un même désir : vivre auprès de l'être aimé.