En 2045, Motoko Kusanagi et la Section 9 affrontent une nouvelle menace redoutable dans cette version long-métrage de la première saison de "SAC_2045".
Le poste avancé de Fort Casey subit une attaque arachnide. Une escouade du vaisseau Alesia est envoyée sur place pour rapatrier le SkyMarshall John A. Warden ainsi que les survivants.
Johnny Rico est contraint de travailler avec un groupe de nouvelles recrues dans une station de Mars que des insectes géants comptent viser pour leur prochaine attaque.
En 2045, face à une crise économique et à l'évolution rapide de l'IA, dans un monde où la guerre durable est en plein essor, la Section 9 de la Sécurité Publique, dirigée par Motoko Kusanagi, arrive à Tokyo pour affronter le « post-humain » Takashi Shimamura et prévenir la menace...
A un endroit et une date inconnus, le test d'activation d'une arme décisive est en cours. Son développement et ses essais opérationnels ont été réalisés dans le secret le plus complet. Il s'agit de l'autre Eva, l'unité invalidée. Dans quel but cette Eva a-t-elle été créé? L'histoire de...