Deux soeurs assistent au meurtre de leur père qui s'avère être un éminent maître de Karaté. Natsuki est enlevé par l'assassin de son père pendant qu'Ayaka est laissé pour morte et sauvé par son père juste avant de mourir. Quelques années plus tard, l'assassin de son père découvre...
Les neuf cyborgs qui composaient autrefois l'équipe du Dr. Gilmore ont été séparés et suivent désormais des voies différentes. En particulier, le Cyborg 009 (Joe) a vu sa mémoire effacée et tente de vivre une vie normale à Tokyo.Mais une vague d'attentats terroristes visant la planète...
Une légende raconte qu'à la nuit tombée, une prestigieuse école de Tokyo devient le royaume de fantômes et autres créatures invraisemblables, les "Midnighters". Lors d'une journée portes ouvertes, trois petites chipies qui n'ont peur de rien pénètrent dans l'ancienne salle des sciences...
