Ce programme de neuf courts métrages faisant appel à diverses techniques d'animation (animation classique, manga, images de synthèse...) raconte plusieurs histoires au sein du monde de la Matrice autour de la guerre hommes/machines. 1 - Le Dernier Vol de l'Osiris 2 - La Seconde Renaissance,...
Le royaume de Lucis renferme le Crystal sacré, que convoite le sombre empire de Niflheim. Le roi Regis de Lucis est à la tête d’une armée de soldats d’élite appelée Kingsglaive. Usant des pouvoirs magiques de leur souverain, Nyx et ses compagnons se battent pour protéger Lucis....
En tentant d'échapper à une horde de sentinelles, les occupants de l'Osiris découvrent que des centaines de milliers de machines sont regroupées à quatre kilomètres au-dessus de Zion et qu'une gigantesque foreuse est en action afin de leur permettre d'envahir le dernier refuge des êtres...
Une scientifique livre son dernier combat sur Terre contre une invasion de fantômes extra-terrestres, avec l'aide d'une équipe indisciplinée de soldats.