Le gouvernement japonais met en place une équipe spéciale pour combattre les créatures géantes qui apparaissent soudainement dans le pays. Bientôt, l'équipe rencontre de manière inattendue un humanoïde géant argenté qui commence à apparaître chaque fois qu'un monstre de l'espace attaque...
Katsumi et Isami Minato vivent avec leur sœur et leur père. Un jour, les frères découvrent des cristaux qui transforment leur détenteur en Ultraman Rosso et en Ultraman Blu.
Un athlète de renom rentre chez lui à contrecœur pour reprendre le rôle d'Ultraman après son père et protéger Tokyo des monstres géants. Il va devenir un héros légendaire.