Le Dr Evil est de retour avec une nouvelle machine à remonter le temps, qui lui permet d'aller dans les années 1960 et de voler le mojo d'Austin Powers, le privant ainsi de ses parties de jambes en l'air.
Après avoir appris que son père a été enlevé, Austin Powers doit se rendre en 1975 et vaincre le méchant et bien nommé Goldmember, et qui travaille avec le Dr Evil.
Un agent secret des années soixante est sorti du cryofreeze pour s'opposer à son plus grand ennemi des années quatre-vingt-dix, où ses attitudes sociales sont carrément déplacées.
