Le fils illégitime du shogun décapite un paysan, ce qui entraîne le nomade Nemuri Kyoshiro dans de nouvelles aventures de combat à l'épée lorsqu'il est accusé de la décapitation.
A la fin du 19ème siècle, un samourai (Sugi Toranosuke), déchiré entre son dévouement pour un Shogun vieillissant et les conseils de son ancien professeur, entre finalement en guerre pour venger la mort de ce dernier.
Refusant de passer la nuit avec une femme issue de la noblesse, Kyoshiro Nemuri apprend le lendemain que celle-ci s'est suicidée et lui a confié la responsabilité de son enfant, un garçon qui doit hérité de la direction d'un clan. Évidement, un clan adversaire cherche rapidement à s'emparer...
L'histoire se déroule vers 1650, après la mort du troisième shogun Tokugawa, lorsque les rônins ont été expulsés d'Edo, la capitale militaire. Pendant l'instabilité politique qui suit la mort d'Iemitsu Tokugawa, le clan ninja Iga de Hanzo se bat contre le clan Koga, alors que diverses...
